目前，以部门预算、国库集中收付和政府采购等三项制度改革为标志的预算会计管理改革，有利于实现财政预算管理的科学化、法制化和规范化，也是从源头上治理腐败，提高财政资金使用效益的重大举措，它标志着我国公共预算建设进入了一个新的历史时期，但这些政策涉及面广、政策性强，改革中必然会遇到许多新问题、新情况。
第一，政府会计制度不完善。我国现行预算会计制度中，除事业单位经营性收支业务核算可采用权责发生制外，总预算会计与行政单位会计都实行收付实现制。财政支出只包括以现金实际支付的部分，不反映哪些当期虽已发生，但尚未用现金支付的部分，最典型的是拖欠征地补偿款和农民工工资。此外，会计报告内容不完整，反映信息过于简单。我国行政事业单位的国有固定资产没有汇总反映成为总预算会计报表信息，因而为将资产处置游离于财政监督之外的财务处理创造机会。
第二，政府财力有限。这几年中央和地方财政收入连续高速增长，但从目前我国财政资金供求状况看，各部门、单位事业发展的资金需求与财政资金相对不足的矛盾依然突出，这是部门上报建议数与财政最终批复数悬殊过大的重要原因，也是不严格执行预算、挤占挪用专项资金等违规问题的重要原因。
第三，部门利益驱动。部门预算是零基预算，预算单位往往过多考虑自身利益，不考虑国家财力负担情况，编制过于理想化的部门预算，将预测到的各项支出全部列足，甚至编制尚未立项、无依据、不必要的项目预算，加大了预算资金总量，使预算建议数大大超过控制限额。在编制收入预算时又想方设法隐瞒自行组织的财力，最大限度地争取财政拨款。
第四，财政拨款时间的限制。预算外资金的申请、拨付手续繁琐，时效性差，会影响部门、单位的用款计划。财政追加预算拨款多集中在年底，由于拨款较晚，当年根本无法开展或实施项目，造成单位虚列支出挂账，或者以拨列支，结转隐瞒。财政追加的预算，除政策性、突发性因素外，许多追加专项经费带有明显经费补助性质，资金使用带有一定的随意性，客观上使一些单位挤占挪用财政资金。
第五，单位属性、关系不明。有些部门所属单位性质模糊，非企非事，事企不分，人、财、物、职能与主管部门界限不清，这些单位的人员工资、水、电、暖等费用仍由财政负担，而其财务收支又游离于预算之外，导致预、决算收支不实，成为滋生腐败的温床。
第六，政府采购工作不到位。一方面，有些部门、单位过多考虑花钱方便，对政府采购、国库集中支付态度不积极；另一方面，目前政府采购在时效性、规范性、效益性和服务质量等方面存在不足，影响了采购单位对政府采购的积极性。
对于预算管理中存在的种种问题，应该采取一些措施从制度上予以完善。
第一，从国际经验来看，政府财务报告是一种全面、系统地反映政府财务状况的核算方式，也是披露政府会计综合信息的一种规范化途径。而我国现有的政府预、决算还不能满足各方使用者的需要，建立更加全面、与国际接轨的政府财务报告制度，是政府预算会计制度改革的一个基本方向。正在进行的部门预算和国库制度的改革，是我国逐渐引进新的会计制度的一个基础。一段时期内，我国可逐步实施滚动预算方法，对各部门的预算使用情况和资产占用情况进行绩效评价，并可将部分预算收支项目试行权责发生制，为权责发生制预算创造条件。
第二，基本支出和项目支出是预算支出的重点内容，为做好这两项预算，中央及地方各级财政部门都制定了基本支出预算管理、项目支出预算管理、预算单位清产核资等配套办法，财政部门应根据这些办法的规定，制定明确的定额标准，严格审查项目，摸清部门家底，为编好部门预算提供科学真实的参考依据。
第三，从预算角度看，预算外资金收入和支出已纳入部门预算并经人大批准，无需再履行繁琐的申请手续，应按预算及时、足额拨付。追加预算要控制规模，严格审批，维护预算的严肃性。拨款要有计划，避免年底突击追加预算和拨款。
第四，深化事业单位改革，明确单位性质和财政管理体制。要通过事业单位改革，明确单位性质和财政供养范围，避免出现财政供给“越位”。行政办实体、事业办实体及部分协会等单位，要实现人、财、物、职能的彻底分离，理顺财政管理体制，减轻财政负担，避免财政资金浪费和国有资产流失。
