一、管理科学本身的局限性
任何一门学科是否具有完整、系统的理论体系是该学科能否独立成科并不断发展走向成熟的重要标志，也是该学科能否在实践中得到推广应用的关键，对某一学科领域的概念，判断，推理等思维形式所产生的系统性的理论应能够把握事物发展的规律性，并对实践的发展起指导作用，从目前管理会计的发展来看，它缺乏规范化的理论体系的指导。
管理会计是本世纪初伴随着泰罗的科学管理理论的产生而产生的，在泰罗制基础上产生和发展起来的现代管理科学对管理会计的产生和发展在理论上起到了奠基和指导作用，在方法上赋予了其现代化的管理方法和技术，现代管理科学主要有以下几个方面的内容：
1、把决策提高到前所未有的地位，认为决策是决定企业盛衰、成败、生存发展的重要管理职能。
2、强调人在企业生产经营活动及其管理中的作用，重视对人的管理，充分发挥人的才智和调动人的积极性。
3、广泛地应用数学方法和电子计算技术，帮助管理人员进行科学的预测决策、计划、组织和控制，以提高经济管理水平。
4、把企业看成是人、财、物、信息等要素所组合而成的完整的系统，因而管理人员应从全局，从经营管理的各个组成要素的总体出发，来实现对经济活动进行全面规划和控制的最优化。
泰罗制作为现代管理科学的基石，从它的形成过程中我们可以考察其局限性。美国著名管理学家泰罗的研究工作，是在他担任米德瓦尔钢铁厂的工长时开始的，他的特殊经历，使他有可能在工厂的生产第一线系统地研究劳动组织与生产管理问题，在他亲身体验并发现生产效率不高是由于工人们“故意、偷懒”的问题后，他进行了一次“金属切削试验”，由此研究每个金属切削工人的工作日工作量，给工人制定了一套工作量的标准。1898年，泰罗在伯利恒钢铁公司期间又进行了著名的“搬运生铁块试验”和“铁锹试验”，对工人每一套动作的精确时间作了研究。马克思告诉我们，一个商品的价值是由其所需的社会必要劳动时间决定的，所谓社会必要劳动时间就是指在现有的社会正常的生产条件下，在社会平均的劳动熟练程度和劳动强度下制造某种使用价值所需的劳动时间，科学管理的中心问题是提高劳动生产率，获取更多的经济效益，具有历史的先进性，但他不关注社会平均水平的劳动熟练程度和劳动强度，劳动条件等客观事实而盲目地以“第一流的工人”的工作水准作为企业运行的标准来衡量其他工人的工作水平，这种过于标准的标准化原理是不切实际的，他的这种“极限思想”不可避免地存在着阶级的局限性和时代的局限性。
管理会计产生和发展的历史表明，以科学管理学说为基础而产生和发展起来的现代管理科学理论的不完整，及其本身的局限性严重影响着管理会计的推广应用。
二、管理与会计的结合存在脱节问题
管理会计并不是管理与会计的简单结合，而是两者的有机结合，管理与会计的结合还涉及到一个会计环境的问题，包括内环境也包括外环境。
（一）国家的经济政策，政治法律对管理会计应用的影响
管理会计的执行必须要有一个完善的经济体制环境，我国已建立了社会主义市场经济体制，但到目前为止，还不够完善，以前计划经济的传统观念依然存在，这些都使得经营决策者在进行决策时更重视一些行政因素和社会影响因素，而不能重视管理会计所提供的信息，从而造成了管理会计在企业中不能普遍应用，同时，我国现阶段的金融体制、价格体制还不够完善，使得管理会计地实际运用中不能充分发挥作用。
现代市场经济从一定意义讲是法制经济，市场主体的行为要受到法律规范的制约，管理会计要给企业的经营决策者提供有用的信息，必须在一个平等公平竞争，高度灵敏的市场经济条件下。改革开放以来，我国先后出台颁布了许多经济方面的法律，如《公司法》、《反不正当竞争法》、《破产法》、《税法》、《证券法》、《合同法》等，来规范我国的市场行为，但总体上我国的法律体系，尤其是经济法律还不健全，这些法制的不健全、不完善使得管理会计在给企业提供经营决策的信息的有用性、相关性方面大为减弱，再加上执法上的不规范使得管理会计在企业中运用缺乏一定的保证。
