博物馆就像一艘扬着白帆的三桅船，停泊在妈阁庙前。地下的展厅主要介绍中国南部及澳门渔民的生活情况。展品包括各种中式帆船、内港鱼栏、说明各种捕鱼的方法┅┅在这一层，无论大人还是小孩都会被“妈阁庙的故事”这个活动舞台吸引，它把妈祖保护人们安全到达濠镜海港的美丽传说生动地呈现在观众的眼前。同时，备有葡语、国语、粤语和英语的旁白供选择。
地下和一楼之间的阁楼陈列了十来艘葡国传统船只的模型。在模型上面有一个荧幕，介绍各种船只的来源和用途。此外，还有两艘宏伟的船只模型-萨格雷斯号和克雷奥拉号。
一楼展览厅，让人仿佛置身在航船的甲板上。而博物馆顶楼的展品与航海技术及海上交通工具有关。此外还有电子天气指南，提供每日天气及空气质量的资料。
这里还有聚集着色彩斑斓的海洋鱼类和种类繁多的贝壳的水族馆。另外，即使不会游泳，也可以进入深海探秘，只要进入位於露天茶座内之“海底漫游”模拟器，便可进入一个惊险刺激之深海旅程。
