中国金融领域中许多问题的发生与现行金融税制的不健全有关。现行金融税制存在的第一个主要问题是税负偏高。目前在中国从事金融业务，主要涉及营业税、城市维护建设税、印花税、企业所得税、个人所得税和具有税收性质的教育费附加等税费。其中，营业税、城市维护建设税、印花税和教育费附加，从性质上说都属于在交易环节征收的流转税。
(一)流转税负担。
不论从事何种金融业务，原则上统一按照“金融保险业”税目征收营业税，并按照规定的营业税税额附征城市维护建设税和教育费附加：
1.营业税税率2002年为6％，2003年降为5％。
2.城市维护建设税税率因纳税人所在区域而不同，在市区的，税率为7％，在县城、建制镇的，税率为5％，在其他区域的，税率为1％。由于金融机构一般都坐落在城市或者县城、建制镇内，所以实际适用税率多为7％或者5％。
3.教育费附加统一按照3％的附加率征收。
印花税则因交易凭据的不同，税率和税基都不尽相同。虽然与其他税种相比，印花税的税率很低，但是它一般按照涉及的交易额(如贷款合同金额)全额向交易的双方征收，所以，从贷方实现的营业收入和借方的借款成本的角度来看，印花税也占有一定的税负比例。
综合考虑营业税、城市维护建设税、印花税和教育费附加，即使营业税税率下调至5％，一般金融业务的流转税综合税负也在5.5％以上。特别是股票交易印花税税率，虽然目前已经降为2‰(最高的时候曾经达到5‰)，但是与其他印花税税率比较仍然很高。这样，金融机构从事证券买卖，既要缴纳营业税、城市维护建设税和教育费附加，又要缴纳税率相当高的印花税。
由于以下几方面的原因，中国金融行业的流转税实际税负会更高：
1.营业税是按照营业额全额征税，而不是按照净额(即价差)征税，更不是像增值税那样只对增值额征税，即金融服务所消耗的购进货物所承担的增值税税额不能得到扣除。所以，实际上金融业承担了营业税和增值税的双重税收负担。
2.营业税的营业额包括金融机构收取的各种价外费用，因此，一些实际并不构成企业收入的代收费用，如证券公司为证券交易所代扣代缴的过户费、开户费等，也被计入营业额征收营业税。
3.中国的一些金融机构，特别是有些大型商业银行，资产质量比较差，不良贷款率比较高，但是营业税原则上是按权责发生制的要求征税的，因此，在滞收利息比率比较高的情况下，银行对大量应收未收利息需用营运资金垫付税款，银行实际实现的利息收入所承担的税负就要比法定税率高。虽然目前对此问题税收政策上已经有所考虑(现规定：银行2000年底以前已经缴纳营业税的应收未收利息，经过批准，可以在以后5年之内冲减营业收入； 2001年以后发生的应收未收利息，若在180天以后仍未收回，可以冲减当期的营业收入)，但是问题并没有完全解决。
从国外情况看，金融业务一般纳入增值税征收范围，而且多数国家对银行信贷、保险、证券、共同基金管理等主要金融业务免征增值税(因此其进项税额不能扣除)，如欧盟各国、加拿大、澳大利亚、新西兰、韩国等。不过，免税一般只限于主要金融业务。对于金融机构的一些辅助性业务(或者说非严格意义上的金融业务)，如提供保险箱服务、证券或者收藏品的安全保管服务等，则按照一般情况征收增值税。对于出口业务或者与商品、劳务出口有关的金融服务，一般实行零税率，以鼓励出口。此外，对于一些属于免征增值税的业务，企业也可以申请缴纳增值税，从而使其进项税额得到抵扣，并保持增值税链条的完整性。
对于证券交易业务，从部分国家征收证券交易税或者证券交易印花税的税负来看，有些国家的税负比中国的税负略高。例如：英国对股票买方征收印花税，丹麦对股票的卖方征收证券交易税，税率均为交易价格的0.5％。有些国家的税负则比中国的税负低。例如：法国对于在股票交易所或者柜台交易的证券，按照交易额对买卖双方征收证券交易税：交易额在 100万法郎以内的部分，税率为0.3％；超过 100万法郎的部分，税率为0.15％；每笔交易可以减税150法郎，且每笔交易税额最多不超过4000法郎；对在创业板上市的股票交易不征交易税。意大利对于在交易所外进行的证券交易，按照0.009％(政府债券)-0.14％(股票)的税率征收印花税(税负由买卖双方各自承担一半)，对于在意大利股票交易所进行的证券交易免征印花税。瑞士对于证券买卖征收印花税，国内证券税率为0.15％，国外证券税率为0.3％(税负由买卖双方各自承担一半)。比利时对于证券买卖征收证券交易税，股票税率为0.34％，债券税率为0.14％(税负由买卖双方各自承担一半)。中国香港和台湾地区也对证券转让征税：香港对股票转让征收印花税，但是税率已经从1997年的0.3％逐年降到 2001年的0.2％(税负由买卖双方各自承担一半)；台湾征收证券交易税，且只对证券卖方征收，股票的税率为0.3％，债券的税率为0.1％。
